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食用菌产后废弃物含有丰富的蛋白质、多糖、维生素和多种植物营养源，科学处理将成为二次种菇的很好原料或生物有机肥或饲料。但是，食用菌生长的过程中也有多种其他生物的侵染，随着食用菌生长周期的延长，这些有害生物种群在基质中不断增加。特别是当栽培结束时，菌体的抗性大幅下降，这些有害生物的繁殖更为迅速，产后废料如果不及时妥善处理，将会为以后的生产带来极大的隐患，轻则造成环境污染，影响以后种菇的产量和质量，重则导致病虫害大量蔓延与为害，造成严重减产甚至绝收。
很多食用菌产后废料都可以再利用，进行二次种菇，这样可以有效地降低原料成本，获得更好的经济效益。如草菇、平菇、香菇、木耳、双孢蘑菇等废料，只要菌丝生长较好，培养料未被杂菌污染，可晒干粉碎
后添加30％到新料中种鸡腿菇。风干粉碎可成为菌糠，10%~20%加入到饲料中，喂食牛、羊等反刍动物。
将那些菌丝生长洁白、未被污染的草本废料晒干后粉碎，添加10％到饲料中，是猪、鸡、鸭、鹅等畜禽的优质饲料，可降低养殖成本，提高效益。
种菇后的各种原料是一种优质的有机菌肥。在我国部分地区已经建成菌糠生物有机肥厂，以食用菌菌糠为原料生产有机菌肥。农户也可利用菌糠自行发酵制作菌肥，即将菌棒粉碎后加水堆积发酵，冬季发酵60~90天，夏季发酵30天，如与禽畜粪便混合发酵则效果更佳。对果园施用食用菌菌糠发酵肥料，可起到改良果园土壤、提高水果品质、增产增收的效果。而且肥效持久，经济实惠。也可用作棉花花蕾肥，甘薯、洋芋的基肥，能显著提高产量。在花卉种植中，把种菇后的废料与肥土混合后堆积自然发酵，用来作为花卉苗圃、盆栽的基肥，对花卉的土壤结构、通气性、保水持水能力等均有改善。
此外，出菇后的菌棒还可作为菇棚的加温燃料以及灭菌燃料。
菌棒不长蘑菇了还有用。用途如下：
1、废弃的菌棒做燃料。
在蘑菇棒的生产过程中，要经过装袋压实、灭菌、养菌、出菇等多个过程。在这个过程中，特别是菌丝的渗透缠绕下，本松散的培养料渐渐失去水分，密度不断加大，变得异常瓷实坚硬，有时任你刀砍斧剁，都不断裂。用它当柴、代替煤炭做燃料，都可以的，并且发热量也不错。本人以前在对菌包灭菌时，就经常用废菌棒烧锅炉，效果很不错。降低生产成本，还解决了无处堆放的难题，更重要的是保护了自己生活的环境。
2、用废弃的菌棒种植其他品种。
种植平菇完毕，废弃的菌袋中，营养并没有100%的被平菇吸收和消耗，还有很大一部分的残留，据专业人员化验测算，废棒中的有机质最低还有20%以上，最多时能达到将近50%，特别是金针菇、蟹味菇种植后的废棒。这些营养还都可以二次利用，用于诸如鸡腿菇等食用菌品种的种植。但要注意的是，用这些废棒二次利用，最好不要超过主料总量的30%，最多不能超过主料总量的50%。
3、用废弃的菌棒做肥料。
废菌棒中含有很多的有机质，并经过了一个完整且时间充足的发酵过程，所以经破碎后可以直接用作肥料。因其成分组成的特殊性，可以有效的改善土壤的团粒结构，增强土壤的透气性，是土壤改良的一种好材料。目前，有一定数量的菌肥生产厂，采用种植废棒，经加工、再发酵、加入益生菌等技术处理，把它制作成菌肥，经实验验证效果很不错的。
另外，有些牛羊养殖者，把菌棒粉碎，并经发酵等技术处理，把它做为饲料的填充物，并已在养殖过程中使用，据说很成功，据说对促进牛羊生长有很明显的效果。
4、二次生发蘑菇。
蘑菇菌棒种植一季之后还是可以进行第二季的生发，只不过产量和品质可能要差一些。虽然说种植过后的菌棒内部已经充满了食用菌的菌丝，但是细木屑中还是有一部分的养分并未被菌丝完全的吸收。因为菌棒内的细木屑并未进行完全的腐熟，菌丝体对细木屑中的养分吸收能力是很有限的。这也是为什么种植之后的菌棒有的手感会非常软，有的还是保持硬邦邦的状态。其中，菌棒硬邦邦的，说明菌棒内部的养分残留还是比较高的。
5、制作板材。
由于现在对森林资源的管控很严格，常规的森林采伐基本已经停止。但是，板材是制作家具、建筑以及其他行业的重要原料。所以，很多的板材企业开始开发使用秸秆等原料加工人造板材的项目。其实，仔细的想一下，废弃的菌棒不也是细木屑吗？和秸秆其实没什么太大的差异。而且，这类废弃的菌棒如果不好好利用，也会造成资源的浪费。所以，对于一些食用菌种植项目较为集中的地区，完全可以采取集中回收、利用的方式进行人造板材的加工，实现废弃菌棒的再利用。
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