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上海植物园的植物配置按植物分类与专类观赏相结合，室内与室外相结合，自然进化与人工进化相结合的原则设置。全园种植乔灌木8.87万株，乔木与灌木之比1:1.33，常绿树与落叶树之比1:0.67。
园内有草坪8.27万平方米，花坛1117平方米。花坛及花境种植鸡冠花、孔雀草、三色堇、羽衣甘蓝、矮牵牛、金盏菊、花菱草、虞美人、雏菊、石竹、万寿菊、一串红等四季花卉，年用量5万多株。
苗圃主要集中在园西部和北面，共占地15.33万平方米，全园各类生产养护温室9321平方米。全园先后引种栽培植物共3033种（包括种下等级）。圃内木本引种区占地6.89万平方米，草花引种区占地6700平方米，内有温室1000平方米，年生产草花3万多支。盆景生产区有地箱式苗床1000平方米，养护砂床1000平方米，养护温室1937平方米。
上海植物园的20余种石蒜花开始开放，彼岸花红艳似火的美景，吸引了一大批游客。 在上海植物园的盆景园与展览温室之间道路旁，红、粉、蓝、黄、白各色石蒜正在争奇斗艳，颇能使人惊艳一把。这就是著名的“彼岸花”石蒜。石蒜在上海植物园的林下道旁广泛种植，而在荷花池旁的草地上，更是种植了一大片红花石蒜。当9月中下旬，数千株红花石蒜齐齐开放形成大片红毯时，更富视觉冲击力，整个花期可以持续1到2周。而目前盛放的正是红花石蒜的近亲。 花卉名称曼珠沙华 学名Lycorisradiata 科名AMARYLLIDACEAE（石蒜科） 其他标准名称英文名clusteramaryllis，Shorttube Lycoris ,中文名红花石蒜,日文：曼珠沙华 （红色彼岸花） 别名彼岸花、蟑螂花、龙爪花、老鸦蒜、蒜头草、幽灵花、地狱花、舍子花、山乌毒、平地一声雷、老死不相往来等 原产地和主要分布原产于中国长江流域，分布在长江中下游及西南部分地区，相关记载最早见于宋代，被称作“无义草”、“龙爪花”，目前广泛分布于东亚各地，在越南、马来西亚等国也有分布。日本现在的品种推测为两千多年前，自中国运到北九州岛的， 曼珠沙华（manjusaka）——红色彼岸花 曼陀罗华（mandarava）——白色彼岸花 上海植物园展览温室室内布置设计热带雨林和室内花园两大主题，展示世界各地热带植物3500余种。热带雨林展区设计展示东南亚沟谷雨林类型。选材主要采用原产我国西双版纳和海南的热带雨林植物，把热带雨林几大重要特征，即绞杀现象、大板根、空中花园、老茎生花等，融汇布置成景点。展览温室展示的植物神奇多样，包括胸径2.3米，高14米，重达20吨的环纹榕（集绞杀、附生和木质藤本等热带雨林现象为一体），自然高度达70?80米的东南亚热带雨林中最高的树种----望天树；大板根植物四数木。老茎生花植物木瓜榕、大叶蜜心果、对叶榕等，这类植物一般是雨林下层小乔木，花开在茎上，便于昆虫传粉，是植物的一种生存适应。空中花园布置各种附生植物如卡特兰、石斛等热带兰花和寄生植物，有的叶形奇异、有的花色雅致、有的香味宜人。其他神奇的植物有剧毒的见血封喉、据传是释迦牟尼在其下觉悟的圣树----菩提树和据传是释迦牟尼在其下诞生的无忧花等。室内花园区设计展出四季变换的热带风光主题，包括姿态美丽的棕榈科植物分区和丰富多彩的热带果树分区。棕榈科植物依据上层骨干树配置分为大王椰子林、椰子林、槟榔林、假槟榔林，特色植物有巨型叶的董棕、傣族用于撰写经书的贝叶棕。展示热带果树40余种，包括树菠萝、可可、咖啡和能改变味觉的神秘果等。精心配置色彩纷呈的热带花灌木和温室花卉，再加上珍奇的食虫植物、凤梨科植物，把整个展览温室渲染得更加丰富、生动。
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